Das KKS Halle besteht aus verschiedenen Funktionseinheiten, welche die Erfüllung der fachspezifischen Aufgaben übernehmen. Der Bereich Biometrische Planung wird extern unterstützt.

Der Leiter des KKS berichtet dem Fakultätsvorstand, welcher die Haushaltsführung kontrolliert und in allen grundsätzlichen Angelegenheiten des Betriebes des KKS Halle entscheidet.  

Der Beirat berät das KKS sowohl in grundsätzlichen als auch in projektspezifischen Belangen.